​Denominada Comissão Própria de Avaliação, a CPA foi criada pela Legislação de Ensino Superior do MEC – pela Lei 10.861 de 10 de abril de 2004 e pelo Decreto 5.773 de 9 de maio de 2006. Essa comissão é elemento obrigatório para todas as instituições de ensino superior do País e tem por objetivo avaliar a IES de forma autônoma, apresentando seu relatório de avaliação para o dirigente institucional e para o INEP, possibilitando à IES o aperfeiçoamento de seus processos internos no que diz respeito às 10 dimensões do SINAES (Sistema Nacional de Avaliação do Ensino Superior).A Comissão Própria de Avaliação da Fazu foi constituída em 14 de Outubro de 2004.
É responsável pela condução dos processos de avaliação interna, sistematização e prestação de informações solicitadas pela CONAES/MEC. A CPA da Fazu tem atuação autônoma em relação aos conselhos e demais órgãos colegiados existentes na Instituição.

Todos os semestres, a Fazu envolve acadêmicos, colaboradores e docentes em torno das atividades da Comissão Própria de Avaliação. Por meio da avaliação, é possível chegar aos gargalos existentes na instituição e encontrar soluções inteligentes que beneficiem toda a comunidade acadêmica. O processo é contínuo e analisa a opinião de alunos, professores, técnicos administrativos e da sociedade civil organizada.A pesquisa levanta dados da estrutura da faculdade, avaliando o desempenho dos docentes, além da estrutura e os serviços prestados pela instituição, incluindo a política de atendimento, extensão e a responsabilidade social. O sistema permite que os participantes preencham o questionário em casa, no escritório ou nos laboratórios da faculdade, que ficam à disposição da comunidade no período de realização da autoavaliação.